フルートの運指はほかの木管楽器に比べて容易です。頭部管に近い方から順々にキーを押さえてトーンホールを塞ぐことによって半音ずつ音が低くなります。両手小指のキーだけがクローズドキーであり、押さえるとトーンホールが開き半音高い音が出ます。B♭、F♯も指が足りないのと下２つのトーンホールを開ける必要から右手人差し指と薬指になっているのです。
また、高音では音抜けのための穴（ベントホール）を開ける必要があることから運指が一見中低音とかなり違い難そうに思われますが慣れればそうでもありません。
音楽で使われる音にはドレミファソラシドの幹音と♯♭のつく派生音がありますが、下記に示す方法によって全ての音の運指を全て同様に覚えるのが後々のためと言えます。フルートに限らず作音楽器は音をイメージすることが大事です。一つ一つの音に対して適切な息のスピードや量などを調整する必要があるのです。ですから、音を出すときは頭の中でドーとかレーとか歌うことが大事です。
一番出しやすいシの音から下行します。
シ
左手人差し指、親指、右手小指を押さえる。
→シ♭
右手人差し指を加える（又は左手親指でブリチアルディキー、左の丸い方を押さえる。）
→ラ
左手中指を下げ右手人差し指を上げる
（ブリチアルディキーから親指を戻す、♭系の曲の場合はそのままでもよい）
→ラ♭・ソ♯
右手人差し指を上げ左手薬指、小指を加える
→ソ
左手小指を上げる
→ファ♯・ソ♭
右手薬指を加える
（ユーモレスクなどではfis（フィス）キーを人差し指で直接押さえることも可能）
→ファ
右手人差し指を下げ薬指を上げる
→ミ
右手中指を加える
→ミ♭・レ♯
右手薬指を加える（中音では左手人差し指を上げる）
→レ
右手小指を上げる（同上）
→ド♯・レ♭
（中音）右手小指以外の指を離す
（低音）右手小指でcis（チス）キー（右端手前のキー）を押さえる
→ド
（中音）左手人差し指を押さえる
（低音）右手小指でc（ツェー）キー（奥のローラー）を押さえる
これで中音低音はできました。次は高音です中音シから上行します。す
シ→ド
親指を離す（中音に同じ）
→ド♯
人差し指も離す（中音に同じ）
→レ
左手親指、中指、薬指を押さえる
→レ♯・ミ♭
全ての指を押さえる
→ミ
左手薬指、小指、右手薬指を上げる（左手人差し指、中指、右手人差し指、中指を押さえる）
→ファ
左手中指を上げ薬指を下げる、右手中指を上げる（左手人差し指、薬指、右手人差し指を押さえる）
→ファ♯・ソ♭
右手人差し指を上げ薬指を下げる
→ソ
左手中指を下げ親指を離す、右手薬指を上げる（左手人差し指、中指、薬指を押さえる）
→ソ♯・ラ♭
左手人差し指を上げ小指を下げる
→ラ
左手親指を押さえ薬指小指を上げる、右手人差し指を下げる（左手親指、中指、右手人差し指）
→シ♭・ラ♯
左手人差し指、右手小指を上げる
→シ
左手人差し指、薬指を下げ、右手中指を上げ薬指で下トリルキーを押さえる
→ド
左手中指小指を下げ親指を離し右手人差し指を押さえる
